Sate, sate, sate. A questão de ter capacidade de controlar ou não todos os reencarnados está sendo relevado aqui, pois estamos tratando apenas de uma situação hipotética, logo, não necessita de tantos alardes; vamos considera-lo capaz dessa proeza.
À princípio, o maior problema do Kabuto seriam as gudou-dama's, porém, deve-se lembrar que a anulação é ativa, e não passiva. Deve-se ser acionada, pela vontade e sanidade do usuário. Acredito que o Kabuto por ter a mesma capacidade do Juugo de absorção de Energia Natural, possa colaborar juntamente com o Susano'o Perfeito de Madara, recriando o Senpou Susano'o, como Sasuke fez na guerra com o Juugo, dando efetividade contra as gudou-dama's, bem como sendo um grande suporte, principalmente se considerarmos o auxílio de outros Ninjas como o Nagato, com seu Shinra Tensei, e Banshou Ten'in que podem ser de imensa ajuda nesta batalha.
Vendo por um lado além do Senpou Susano'o, pode ser que haja uma outra tática que torne efetiva uma investida rápida, simples, e colaborativa. Caso seja possível(não sei se é) o Kabuto compartilhar seu Chakra Sennin para upar a Técnica de algum reencarnado, poderia ser feito a seguinte estratégia: Nagato utiliza o Banshou Ten'in para atrair e desestabilizar o inimigo, e em seguida, um Jinton do Mū upado com o Chakra Sennin se possível, assim desintegrando tando as Gudou-dama's quando o oponente. Isso, se caso não mata-lo, abre brechas para outras situações e chances para novas investidas.
Temos Dan, com seu Reika no Jutsu que apesar de eu achar que não prenderia um Jinchuuriki do Juubi por muito tempo, pode ser efetivo por algum tempo.
Temos Mū que é capaz de ficar totalmente ocultado e invisível, bem como tendo sua presença insensível, e isso pode ser usado para propagar ataques pela retaguarda, sem conhecimento do oponente.
Eu consigo pensar em várias estratégias... E caso a hipótese de upar a Técnica de alguém com o Chakra Sennin, semelhante ao que Tsunade fez com Ohnoki, porém com Chakra Sennin, for possível, isso abre outro leque de possibilidades. E caso Kabuto esteja com falta de Chakra, temos trocentos Edo Tensei com estamina ilimitada para restaura-lo. Bem, pode ser que o Kabuto perca, mas ainda vejo chances de ele bater de frente.