Não estou colocando necessariamente em ordem do melhor para o pior, mas os melhores na minha opinião são...
Minato Namikaze (com roupa de Hokage): Ele usa basicamente as mesmas roupas que a maioria dos ninjas de Konoha, mesmo assim, quando veste a capa de Hokage, seu Design fica sensacional.
Kakashi (sem traje padrão): Como já mencionaram aí, o design do Kakashi fica bem bacana quando ele tira a bandana e o colete de Konoha, épico.
Itachi (primeira aparição): Ele vestiu a mesma roupa na maior parte do anime, mas em sua primeira aparição seu design estava muito foda, só no mangá.
Naruto (Modo Sennin): Sinceramente, nunca curti muito o design do Naruto, não desgostava também, mas não acha nada de mais, mas quando ele apareceu em Konoha já usando o Modo Sennin, ficou com um design muito interessante.
Hinata: No Clássico nem tanto, mas ela ficou mó gatinha no Shippuden *-*
E tem vários outros personagens com design legal, se eu for citar todos que gosto, vai o Mundo Shinobi inteiro kkk