Tive uma discussão sobre o assunto com Heimdall um tempo atrás.
Bom, realmente acho que a maioria precisa entender que Genjutsu pode ir muito além da simples embaralhamento do sistema de chakra adversário. A esmagadora maioria dos Genjutsus vão ser dissipados por métodos convencionais como "Kai", auxílio de um companheiro ou, através da dor. Só que existem Genjutsu que simplesmente negam quaisquer um destes métodos, um exemplo é o Koto.
Itachi recebeu o Koto, sabemos que o Genjutsu anulou o controle do Edo Tensei. Pois bem, ao lutar com Kabuto, Itachi recebeu o Mugen Onsa, que deveria ter cancelado o Koto, isso seguindo a mesma lógica que Itachi usou para cancelar o Genjutsu de Kabuto. O Uchiha também foi atordoado e estilhaçado várias vezes, o que também implica em cancelar um Genjutsu ativo.
Koto estava "travado" na mente de Itachi, de forma que não seria possível remove-lo por nenhum método conhecido. Temos outro exemplo disso, bem aqui:
Inochi é bem específico ao dizer que uma série de Genjutsus potentes bloqueavam a mente do Random capturado por Jiraiya. Me digam por qual motivo Inochi simplemente não usou "Kai" e removeu o Genjutsu? Não é óbvio que a ilusão na prática, funcionava com um Fuinjutsu?
Gamarinhsou:
"Mente e corpos são
selados entre as mãos do Sapos"
O próprio Nagato, que provavelmente pôs o Genjutsu na mente dos Shinobis de Amekagure, custou acreditar que Jiraiya (na verdade os sapos) tivessem um Genjutsu tão incrível.
Junto isso ao fato de que Jinchuurikes perfeitos já foram controlados:
A resposta para mim é óbvia.