E o seu chakra não desaparece ou simplesmente torna-se nulo, ele apenas reduz o chakra que flui em seu corpo e o mantém em níveis muito baixo para ficar indetectável a sensores normais:
Nas suas teorias você se auto refuta e vai contra sua própria lógica:
O chakra ainda está lá, de outra forma, o Mū não conseguiria usar o Mujin Meisai ou Keijūgan no Jutsu enquanto esconde o seu chakra. Nessa linha, não há impedimento para um Dōjutsu ser capaz de ver através da invisibilidade do Mū.
Tinham diversos sensores atrás do Muu e eles não o acharam.
De acordo com você não foi pelo chakra ter sumido, mas sim por estar "suprimido" em um nível tão baixo que impossibilitava qualquer sensor achar ele.
Agora note a incoerência.
Se ele está suprimido a tal ponto (de nenhum sensor conseguir sentir ele) o que te faz pensar que o Sharingan que é inferior em capacidade de visualizar chakra ao Byakugan por exemplo (
o Sharingan tem limitações em ver chakra) seria capaz de ver o que os sensores não são capazes de sentir?
A lógica é que se o chakra é suprimido a ponto de impedir sua localização por um esquadrão de sensores a mesma dificuldade seja notada (e em pior escala) a um Doujutsu como Sharingan por exemplo. A dificuldade de perceber o chakra vai ser proporcional aos dois (Sensor e Sharingan), mas vai ser pior no Sharingan como vou explicar abaixo.
Em resumo, se Itachi fosse capaz de ver algo (segundo sua teoria) seria com tanta dificuldade que seria o equivalente a Muu estar invisível do mesmo jeito.
Esse é o primeiro ponto.
(Antes de mais nada o Mujin Meisai não é o Meisaigakure no Jutsu onde você tentou criar uma falsa equivalência, são Jutsu diferentes, mecânicas diferentes).
Tem o segundo ponto, o que torna ainda mais difícil ainda pro Sharingan que pra um Sensor detectar o Muu é o fato de que além dele apagar o chakra dele o Mujin Meisai trabalha "refratando" a luz ao redor do Muu, por isso ele não fica visível.
A visão funciona captando
luz, ou nas palavras do Google:
"A visão funciona através do processamento de dados recebidos pelo encéfalo, por intermédio dos receptores sensoriais ativados pela luz."O Sharingan segue a mesma lógica,
ele percebe luz (porém em um nível mais sútil, por isso ele enxerga Chakra), contudo a técnica do Muu trabalha justamente nesse ponto (refrata a luz), ou seja, o Sharingan teria o dobro de trabalho que um sensor pra perceber o Muu pois enquanto o sensor não depende do fator luz o Sharingan sim depende (e o Mujin Meisai do Muu interfere justamente nesse ponto).
Databook 4 :
Tomando para si a aparência de nada, se transformando no céu. Uma técnica de invisibilidade como a Lua em uma noite chuvosa.
Água muda a aparência de tudo, seja algo gasoso ou sólido, às vezes ela distrai a luz, às vezes ela refrata a luz como um prisma, imitando uma miragem. O ponto forte de Mu é a manipulação da água, especificamente ele doma a luz. Se revestindo de gotículas de água, o usuário do jutsu “Mujin Meisai” escapa da luz, apagando sua aparência. Como água, ele se torna uma existência que não existe...
→↓Ao refratar a luz próxima a si por meio da água, o usuário consegue fingir que não está no local. A mecânica é similar à camuflagem ótica.
Ou seja, as chances do Sharingan enxergar o Muu usando essa técnica é nula, e a dificuldade seria ainda maior do que um Sensor teria pois Sensores não dependem do fator Luz mas o Sharingan sim.
????
Vou contribuir para essa discussão dando minha opinião sobre a efetividade dos principais recursos da dupla contra o Uchiha. 
