Acho que o motivo do obito ter feito isto tudo foi realmente por causa Rin. Mas a Rin morreu, como disse o obito e ele colocou a culpa em cima do kakashi. Na minha teoria, kakashi matou a Rin para assim conseguir obter o seu Mangekyou Sharingan, pois não foi especificado até hj como ele conseguiu o MS. O obito ficou sabendo disso e ficou com bastante raiva, e assim gerou a guerra. Reparem que em quase todas as folhas do manga depois da retiração da mascara do tobi, o kakashi está espantado. O real motivo é ele ter pensando assim "É o obito! Acho que ele descobriu que eu matei a Rin, será?" Enfim, a teoria e meio lokinha mas pode ser verdade.