A frase proferida pelo yondaime: "...mas esta é a última vez." refere-se a restauração do selo e não quanto a sua aparição. Não dá para relacionar a referida frase com a aparição do yondaime. A frase que fala - da última vez - está em outro quadrinho e, na seqüência que o yondaime afirma que restaurará o sêlo.
O motivo que o Yondaime desapareceu, ele deixou claro, ou seja, o chacara dele estava acabando. Agora o que não foi dito, não é nem questão de clareza, mas realmente não foi dito, é que: a) ele desapareceu antes de acabar totalmente o chacara dele para preservar-se; b) ele desapareceu, porque extinguiu totalmente o chacara dele; c) ele desapareceu e jamais reaparecerá; d) ele desapareceu e voltará a aparecer em situações futuras.
Uma coisa ficou clara: que o yondaime já estava vendo tudo o que estava acontecendo através dos olhos do naruto, antes mesmo de se manifestar por meio da liberação do sêlo. Então para que o yondaime tome ciencia das coisas não precisa dele se manifestar. Outra coisa, que a Kyubi tem um lugar onde fica dentro do Naruto e dada certas circunstancias que se libera uma parte do sêlo, ele se manifesta. Assim, pode ser que o Yondaime tenha ido para algum lugar dentro do Naruto.