Bem e como ja disseram, Kaiten não e uma defesa apenas, ela repele/reflete danos fisicos, ou seja, não e apenas liberar uma grande quantidade de chakra pelo corpo, o fato e que os Hyuugas podem expandir esse chakra e diferente do Manto do Kira A, ao desativar o Manto o Amaterasu ficara em contato com a pele, por outro lado os Hyuugas ao expandir esse chakra vai afastar as chamas de seu corpo, e quando a rotação viesse a começar o Kaiten seria repelido do Kaiten.
O Kaiten tem a capacidade de repelir tudo que toca nele, vimos na afirmação da Tenten que até o chakra da Kyuubi ao tocar no Kaiten foi repelido, não to comparando jutsus, mais vimos que isso não aconteceu apenas com o chakra da Kyuubi, Teias do Kidoumaru, Prisão de agua do Kisame, são alguns exemplos de que apenas expelindo chakra pelo corpo, o Hyuuga pode repelir jutsus, com o Kaiten feito e provavel que o Amaterasu seja repelido.
Agora que o Hyuuga teria danos ao receber o jutsu, sem duvidas, a não ser que o Hyuuga em si tenha a capacidade de "antecipar" o Amaterasu.
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E só mais uma teoria para complementar, Obito disse que sentiu Sasuke acumulando chakra em seus olhos e com isso ele antecipou o Amaterasu.
Eu fiquei pensando, o Byakugan e capaz de ver o chakra sendo acumulado no olho do Uchiha(to dando o exemplo pois isso ja aconteceu), então ao saber que esse chakra acumulado e para usar o Amaterasu, ele poderia ja começar a usar o Amaterasu para se livrar da tecnica.
Outro exemplo e que Ao foi capaz de saber que Danzou estava ou não usando Genjutsu através do fluxo constante de chakra em seu sistema neural ou seja no Doujutsu e na cabeça do Danzou, quando o mesmo esta usando um jutsu o chakra fica mais forte, e por isso o Hyuuga poderia "antecipar" tecnicas, como Amaterasu e usar o Kaiten.