O Amaterasu/Enton é um Katon poderoso que gruda na sua pele, tanto é que ele só some após consumir o alvo.
A prisão de água é um jutsu que é sustentado pelo usuário, no caso o Mizu Bunshin do Kisame. A água não aderiu a pele dele porque não foi um disparo e nem é propriedade daquele Suiton, só estava cercando seu corpo. O líquido não se sustenta sozinho formando um globo em volta do ninja, já o fogo literalmente gruda no alvo até consumí-lo, essa é a diferença.
Alguém se precipitou em uma citação aí. Tenten afirma que "ele libera uma alta quantidade de chakra dos
pontos de abertura de todo o corpo o seu corpo". Buscando em uma outra tradução, do inglês (porque geralmente o mangá é traduzido do japônes para o inglês, e do inglês para o português):
"[...]he releases a large amount of chakra from chakra openings throughout his body" que traduzindo seria "ele libera uma grande quantidade de chakra das aberturas de chakra por todo o seu corpo", confirmando a frase citada na versão traduzida.
O que eu quero dizer é que só existem 361 pontos de chakra no corpo, e esses pontos obviamente não o cobrem totalmente, mas estão nas partes principais dele. Eu não acredito que isso possa repelir o Amaterasu impregnado na pele devido ao comportamento da substância em questão, chamas, algo fluido.
Na minha visão, o ninja libera o chakra através desses poros e rapidamente uma camada/armadura é formada e a partir daí ela se expande, e então o ninja rotaciona pra fazer o Kaiten. Acontece que nesse intervalo entre a pele/poros e a camada, estão as chamas (supondo que o ninja já foi acertado pelo Amaterasu) e quando o usuário liberar chakra através dos poros será como uma peneira, o chakra vai passar - pois o fogo não é sólido pra impedir a passagem - mas vai fazer furos nas chamas, passando para então formar a armadura e utilizar o jutsu normalmente, mas o fogo continuará lá.
Isso é apenas minha opinião galera, o meu ponto de vista. Concluí isso analisando as imagens e lendo sobre o funcionamento dos tenketsus e Kaiten, não estou dizendo que estou certo. Posso estar equivocado, mas por enquanto é essa linha de pensamento que estou seguindo.