@Phisikys é uma hipótese bastante provável...
De fato, Hagoromo e seu irmão deveriam ser os únicos no mundo capazes de bloquear o Mugen Tsukyomi de Kaguya...
Provavelmente, a épica batalha contra o Juubi foi apenas a parte final da batalha contra Kaguya (eu acredito mto que ela tenha se tornado o Juubi em algum momento)...
Bom, no capítulo 665, página 06, Madara explica que Hagoromo espalhou seu chakra pelo mundo (antes no 646, Madara fala que as pessoas não possuíam chakra e Kaguya foi a primeira humana a manipulá-lo), assim, todas as pessoas puderam ter chakra...
Depois de doar o chakra a todas as pessoas, Hagoromo tentou guiá-las lhes ensinando o Ninshuu...
Acredito que foi nesse ponto que a vaidade de Kaguya, que já tinha se tornado a tirana governante do mundo, a fez querer controlar todos os humanos por meio do genjutsu supremo...
Ela controlava tudo, mas seu filho estava tentando guiar as pessoas por conta própria...
Kaguya então usa o Mugen Tsukyomi, põe o mundo inteiro sob influência de seu genjutsu, conectando-as à árvore sagrada... Contanto, Hagoromo e seu irmão, que não concordavam a maneira de sua mãe conduzir o mundo, conseguem escapar do Tsukyomi infinito e lutam contra sua ela para libertar as pessoas...
Qndo todos estão conectados à árvore, um novo fruto de chakra é gerado, então, um dos irmãos deve ter tido comido o fruto pra poder fazer frente à Kaguya...
Depois de uma batalha difícil, em algum momento, Kaguya, mesmo sendo a mais poderosa, se vê pressionada e então se funde com a árvore sagrada, se tornando o Juubi original (bem mais poderoso que o Juubi atual)...
Perceba que no capítulo 670, página 11, o Juubi parece ser bem maior que seu equivalente atual e, na minha opinião, tem o aspecto de uma árvore...
As pessoas presas no Mugen Tsukyomi continuariam no lado exterior do corpo da criatura, conectadas à ela... Elas não seriam envolvidas diretamente na fusão...
Hagoromo e seu irmão não tinham o poder necessário para vencer o monstro, então decidem realizar um selamento em conjunto (como Minato fez ao repartir a Kurama em duas metades) repartindo o Juubi em duas partes, cada uma selada no corpo de cada irmão...
As pessoas então se desconectariam do Juubi, durante o processo de selamento, sendo então libertas...
Assim, Kaguya também foi selada junto ao Juubi... Aqui, teorizo que, qndo Hagoromo repartiu o chakra do Juubi nas nove parte (as conhecidas nove Bijuus), a alma de Kaguya ficou presa ao corpo sem chakra do Juubi (Gedou Mazou), que, por essa razão, foi selado na lua...
Tudo isso para que Kaguya não voltasse a viver...
...
Por isso sua hipótese pode estar correta, caro amigo... Hagoromo pode ter ensinado ao Sasuke como se proteger do Mugen Tsukyomi usando a habilidade de seus poderosos olhos, porque foi isso que ele também fez...
A grande questão é: o que aconteceu com o irmão de Hagoromo?
Por que ele não o mencionou na história que deixou escrita no monumento de pedra dos Uchihas (já que o próprio Madara, no 646, fala que Kaguya teve apenas um filho e que esse filho, sozinho, salvou o mundo do Juubi)?
Acredito que Hagoromo selou seu próprio irmão, por alguma razão, e não mencionou sua existência para que ninguém jamais rompesse esse selo...
Veremos o que Kishmoto nos reserva!
Mas eu imagino que Kaguya esteja sim unida ao próprio Juubi... Isso responderia por que a árvore demorou tanto tempo para poder tentar tomar de volta o "seu" chakra... Por que ela não atacou Kaguya, enquanto seus filhos eram apenas bebês?
Kaguya queria ser a única detentora do chakra e não suportou ver todas as pessoas do mundo possuindo o "seu" poder, herdado por seus filhos... Ela quis recuperar todo o chakra para si...
Vejo até os vários flashbacks, caso Kaguya volte msm à vida (reencarnada em Hinata, como teorizei antes), após a derrota de Madara...
Qndo ela se deparar com dois jovens fazendo frente à seu poder novamente, com certeza ela irá se lembrar de seus dois filhos...
Se isso acontecer msm, veremos os melhores flashbacks de todo o mangá, superando até os da épica batalha do vale do fim...
Mas, obviamente, o irmão de Hagoromo deverá surgir antes do renascimento de Kaguya, para que ela possa ter acesso ao seu poder em 100%...
Se o irmão de Hagoromo não for mal (ao contrário do que teorizei antes), ele poderá upar novamente Naruto e Sasuke, antes de ser vencido por Kaguya...
Enfim, resta-nos apenas esperar!
Abraços, caro amigo!