O MS, não é possivel somente se adquirir se matando seus melhores amigos, é possivel se abrir com traumas, talvez por ele ter ajudado Danzou a matar seus melhor amigo tenha se tornado um trauma muito grande.
Talvez ele tenha,apenas ganhado a culpa, pelo grande trauma, Itachi nunca alegou que ele foi lá e matou o Shusui, é dificil dizer, Itachi havia dito que é possivel se adquirir os mesmo olhos que Itachi matando o seu melhor amigo.
Mais, talvez Itachi apenas estava fazendo com que Sasuke, não quise-se se tornar o mesmo monstro que ele se tornou, talvez seja isso que levou ao dispertar do MS, ser forçado a matar seu próprio clãn, e carregar o fato de Shunsui estar morto.
Já que eu acredito, que para um transplante é necessário que o Sharingan esteja ativo, assim, levando a conclusão que Itachi deve ter protegido Shunsui, mais pela decepção de não conseguir criou o MS.