Eu já expliquei sobre essa questão algumas vezes...
Nagato tem problemas com a full speed sim, mas para full speed de ninjas que não exalam um manto repleto de chakra, doido para ser absorvido pelo Gakido.
Nagato teria muito mais dificuldades em lidar com o Gai 7º gate do que com a velocidade desse Naruto.
Além disso, ela NUNCA mostrou ser rápida o suficiente para burlar um sensor. Sasuke só com o MS acompanhava todos os movimentos do A, Nagato tem visão 360º, Sensor, altos reflexos ( o suficiente para interceptar um golpe do Jiraya sennin só com a visão compartilhada) e pode ativar o Gakido automaticamente.
Isso sem contar que o Gakido é uma barreira que pode ser ativada e mantida, mesmo enquanto o Nagato estiver usando os demais caminhos do Rinnegan.
E utilizar o Rugido de Chakra Bijuu para parar o Chou Shinra Tensei ?
O CST é MUITO mais poderoso que essa onda de choque, ele passaria FACILMENTE pela mesma e a voltaria contra o próprio Naruto + o CST em si.
E não entendo o que tem de tão especial nesse golpe que o Obito fez no Naruto e no Sasuke. Ele simplesmente os jogou no chão, NADA além disso.
A cratera feita pelo ataque do Obito não é nem do tamanho de um Bijuu.
Quanto mais forte for o ataque ( que envolva pressão), maior vai ser o buraco feito pela técnica.
É o óbvio...
O Obito Jin pode até ser mais forte que o Chou Shinra Tensei, mas não mostrou nem metade de sua força naquele ataque contra Naruto e Sasuke.
Por outro lado, para sobreviver a Flash Bijuu Dama e a Renkuzou Bijuu Dama, Nagato precisaria aplicar o Chou Shinra Tensei também, pois são de enormes magnitudes, o suficiente para sobrecarregar o Gakido.
E se fizer isso, ele entra em delay de vários minutos , deixando a guarda aberta para o Naruto finalizá-lo com um outro conjunto dessas técnicas.
É como eu sempre disse, Nagato tem como vencer, Naruto também, a técnica que dá a vitória ao Nagato é a mesma que se mal usada decretará sua derrota.