Sakura só passou a ser superior à Hinata, na guerra, quando ela conseguiu o Byakugou e a Katsuyu.
Nessas condições, eu vejo a Hinata com mais chances, pois mesmo a Sakura tendo mais jutsus, a Hinata é superior no taijutsu.
Nessa época, a Hinata já conseguia trocar golpes com o Pain, dá mesma forma que Naruto.
O Pain pode não ser um usuário de taijutsu, mas mesmo assim não é fraco nessa área. Além disso, a Sakura não é top em taijutsu, pelo menos não essa Sakura, pois uma versão superior dela, já foi nocauteada por um chute.
É bem óbvio que a Hinata leva uma grande vantagem no taijutsu, mesmo usando só o punho suave. Caso ela use os leões gêmeos, as chances de vitoria contra a Sakura aumentam muito, uma vez que esse jutsu causa grandes danos, absorve chakra e aumenta o alcance da Hinata. Vejam:
Como podemos observar, os leões cobrem boa parte dos braços da Hyuuga e também aumentam o alcance do dela.