Bom, deu pra ver claramente que você não entendeu, ou pelo menos não quis entender, a construção da obra. Vamos lá...
Formigas aparecem do nada, evoluem do nada pela natureza e começam a devorar pessoas e se tornam super aliens do nada com uma explicação porca e péssimo plot.
Elas não aparecem do nada, é afirmado pelo Kaito que elas já estavam sendo pesquisadas e estudadas pelos Hunters há certo tempo. Elas evoluíram pelo processo da fagogênese, baseado na filogênese da vida real. Conforme as formigas comem diferentes espécies, elas adquirem capacidades destas mesmas, e obviamente não seria diferente com os humanos. Ao ingerirem seres humanos, adquiriram a capacidade de comunicação e de raciocínio, depois comeram Hunters e adquiriram a capacidade de usar Nen, e por aí vai... Foi um processo natural e explicado dentro do anime, inclusive eles passam vários episódios/capítulos explorando essa evolução das formigas, então não foi uma explicação porca com um péssimo plot, muito pelo contrário, foi um trabalho muito bem feito e coerente com o universo fantasioso de Hunter X Hunter.
protagonista fica puto pela morte de seu amiguinho adulto que conheceu há semanas atrás e do nada literalmente vira um homem fortão e fodão diante de seu odiado inimigo que simplesmente fez sua função
Ele conheceu o Kaito durante a infância, quando foi salvo pelo Hunter ao entrar no território de um Urso-Raposa e ser atacado pelo animal. O anime realmente não deixou isso muito claro, mas o Kaito é a figura mais próxima de um pai para o Gon, tanto por ter salvo ele enquanto criança, quanto por ser um discípulo do Ging e ter conseguido encontrar o pai de Gon (o principal objetivo do protagonista durante a obra), então ele obviamente criou uma conexão muito forte com o Kaito e quebrou totalmente ao ver a Pitou salvando uma humana enquanto ela havia matado o Kaito. Gon é um personagem egoísta, isso é deixado claro em diversos momentos na obra, inclusive nos momentos finais do arco anterior ao Chimera Ants, no caso Greed Island, onde o Gon chama o Genthru e o seu grupo para lutar mesmo com o Killua totalmente sem condições de entrar em combate por estar com as mãos destruídas depois da partida de queimada. Ele não se importou nem um pouco com a condição do seu amigo e chamou um poderoso oponente para o combate, porque o Gon é assim, ele não pensa nos outros, apenas em si mesmo. Resumindo, Gon não estava nem aí que a Pitou só estava cumprindo a sua função, Gon não estava nem aí pra Komugi, ele só queria saber do Kaito porque era o quê o interessava.
A transformação do Gon também foi bem explicada e inclusive a obra já havia apresentado algo semelhante, no caso, o Emperor Time do Kurapika. A única diferença é que o Kurapika libera o seu poder aos poucos e perde uma hora de vida a cada segundo que passa usando o poder, enquanto o Gon liberou tudo de uma vez e praticamente perdeu toda a sua vida após apenas alguns segundos ou minutos transformado.
Sistema de Nen não é tão complexo assim, na verdade os poderes de HxH são fáceis de entender com explicação.
Então, cite sistemas de poder mais complexos e bem trabalhados do que o Nen em Hunter X Hunter. Chakra em Naruto não é, Ki em Dragon Ball não é, Haki em One Piece não é, Reiatsu em Bleach não é, Quirk em Boku no Hero não é, Magia em Fairy Tail não é... A única que conheço que é tão interessante e bem trabalhada quanto o Nen é a Alquimia em Fullmetal Alchemist. É óbvio que não é difícil entender como os poderes de Hunter X Hunter funcionam caso haja uma explicação, mas isso não torna o Nen menos complexo e bem explicado do que os outros sistmas de poder, que geralmente nem precisam de uma explicação para acontecer, os personagens só têm o poder e acabou.
Eu não gostei do protagonista de HxH, muito santinho e sem graça
Ele é uma criança de 12 anos, obviamente não é alguém maduro e, por consequência, era bastante inocente. Mas "santinho" não é a palavra certa para descrever alguém que ameaçou uma garota desacordada só para satisfazer as suas próprias vontades. Sobre você não gostar dele e achar sem graça, tudo bem, é a sua opinião, já eu acho ele um dos melhores protagonistas de Shōnen justamente por não ser uma criança super inteligente nem nada do tipo, ele é realmente uma criança "comum", que gosta de brincar, fazer bagunça e tudo mais, essa inocência dele que é quebrada em Chimera Ants é o que o torna um personagem tão bom, descontruiu totalmente o clichê de protagonista bonzinho e inocente que o Gon se enquadrava até o arco anterior.
o universo é pobre
Pelo contrário, o universo de Hunter X Hunter é muito interessante, e vai se expandir muito mais agora no arco do Continente Negro que está acontecendo no mangá. É um universo criativo, possui organizações que lideram os dois lados da sociedade (Organização Hunter, Trupe Fantasma, máfias e afins), diferentes espécies, diversos cenários para acontecer a ação (leilões, Greed Island, eleições, etc) e por aí vai. O universo de Hunter X Hunter é muito bem explorado e possui muitos mistérios, como a criação da cidade Meteoro, o Continente Negro, as 5 Calamidades, as origens do clã Kurta, entre outros, ou seja, além do que já nos foi apresentado, o Togashi ainda tem muito a explorar dentro do universo da obra dele, então Hunter X Hunter definitivamente possui um universo rico e ainda cheio de conteúdo para ser explorado pelo autor.
Além disso, parece que Hype Hunter não tem uma construção geral que liga a história num todo e cada arco tem uma ligação com o outro como um efeito dominó.
Mas tem, você que não notou. Começamos no arco do Exame Hunter, onde os personagens são apresentados e diversas situações criam ligações com arcos futuros, como a derrota de Gon perante Hisoka (ligação com o arco da Arena Celeste) e a desqualificação de Killua por assassinar o oponente (ligação com o arco da família Zoldyck). Após isso, eles vão em busca do Killua e, após recuperarem o amigo, combinam de se encontrar em York Shin em 6 meses (ligação com o arco de York Shin). Depois de se separarem, Gon e Killua vão até a Arena Celeste em busca de dinheiro e de treinamento para se encontrarem em York Shin com Kurapika e Leorio (ligação com o arco de York Shin). Em seguida, a dupla volta para a Ilha da Baleia, onde descobrem sobre o Greed Island ao usarem os objetos que foram deixados por Ging para Mito entregar ao Gon caso o garoto tivesse o interesse de conhecer o seu pai (ligação com arco de Greed Island), e após isso, Gon e Killua vão para York Shin na intenção de conseguir o cartucho do jogo nos leilões que acontecem pela cidade, além de ajudarem o Kurapika em sua missão de derrotar a Trupe Fantasma (que já havia sido apresentada no arco do Exame Hunter como o objetivo do Kurapika). Após os eventos do arco, eles partem para o Greed Island, e como prêmio por vencerem o jogo, Gon e Killua levam para fora do "jogo" cartas que os dariam a capacidade de se teleportar até Ging, já que Gon havia visto um jogador com o nome "Nigg", um anagrama para "Ging", que entrou antes dele no jogo. Ao se teleportarem, eles acabam se encontrando com Kaito, que estava com a Licença Hunter do Ging como prêmio por ter conseguido encontrar o seu mestre no passado, e a partir daí começa Chimera Ants. Em diálogos de Gon e Killua com Kaito, o império de Kakin já é citado (ligação com o arco da Guerra de Sucessão de Trono que está acontecendo atualmente no mangá), e todo o arco de Chimera Ants acontece. O arco das Eleições acontece por consequência da morte de Netero, e nesse arco Alluka é explorada, sendo que ela já havia aparecido em fotos durante o arco da Família Zoldyck e Chimera Ants, além do Continente Negro ser citado durante o arco final do anime (ligação com o arco do Continente Negro). Então, como pôde ver, todo o enredo de Hunter X Hunter é totalmente ligado e o autor sempre faz referências aos futuros acontecimentos do mangá em cerca de dois ou três arcos antes. Até mesmo as Bestas de Nen, que possuem grande importância agora no arco da Guerra de Sucessão do Trono já haviam sido apresentadas no arco da Greed Island. Então, todo o enredo de Hunter X Hunter é bem fechadinho e todos os arcos possuem ligação um com o outro, nada acontece sem motivo na obra.
O protagonista não tem um grande sonho, a inspiração para se tornar o Hunter foi "eu queria conhecer meu pai", pronto conheceu e o seu autor preguiçoso poderia encerrar o mangá ali ou escrever um livro do final já que tem preguiça de desenhar, assim todo mundo ficaria feliz.
Ele não tem um grande sonho, mas ele não precisa disso. Ele quer ser um Hunter para entender o motivo dessa profissão ser tão legal ao ponto do pai abandonar a própria família para seguir esse caminho, uma premissa perfeita para uma aventura, além de não seguir o clichê do protagonista com grandes objetivos, algo que já tá mais do que manjado em mangás Shōnen. Gon é uma criança que viveu uma vida comum, o único diferencial da vida dele foi o fato de ter sido abandonado pelo pai, então não tem porquê ele ter grandes objetivos além da vontade de conhecer o mundo em que o seu pai vive e entender o motivo disso ser tão importante para o Ging.
O mangá de Hunter X Hunter não podia encerrar onde o anime acabou não, principalmente pelo fato do Kurapika e do Leorio não terem tido uma conclusão e ainda existirem muitas coisas para serem exploradas. Se Hunter X Hunter acabasse no momento em que Gon encontra o seu pai, ficariam muitas pontas soltas, o que obviamente seria motivo de críticas por parte do público. O Togashi foi corretíssimo em prosseguir com a obra, pois ele ainda tem muita história pra contar com Hunter X Hunter, não era só o objetivo do Gon que importava.
Por fim, o motivo de Hunter X Hunter estar em hiato não é por preguiça do autor de desenhar, o Togashi possui sérios problemas de coluna e não está em condição de trabalhar já que mal consegue ficar sentado. Esse é o principal motivo para os traços do mangá de Hunter X Hunter serem muito simples em vários momentos, porque ele não consegue ficar muito tempo sentado. Enfim, todos aguardam ansiosamente pela volta de Hunter X Hunter e pela recuperação do autor, mas não dá pra forçá-lo a continuar trabalhando sendo que ele não está em condições para isso.