Eu acho que a percepção que ele é diferenciado vem da oposiçao que ele fez a seus viloes
Pega por exemplo: Dragao ball, one piece, cavaleiros do zoodiaco, bleach e outros, todos eles tem viloes bons, todos tem antagonistas que passaram pro time do protagonista e etc... só que em nenhum deles o protagonista se colocava de fato no lugar do outro, apenas vencia e pronto, nunca um vilão faria algo terrivelmente terrivel e seria perdoado ou algo assim.
Pain matou o Jiraiya, Kakashi, Paw, feriu mortalmente hinata, tsunade, destruiu konoha e no final o naruto entendia as motivaçoes do cara e a luta terminou em conversa...
Freeza matasse algum amigo do goku, destruisse o planeta do goku sera que no final o goku entenderia as motivaçoes do freeza ? Nao
Goku poderia deixar o freeza vivo para eles lutarem novamente isso porque o goku era mais forte, poderoso e superou o vilao MAS no campo das ideias, o goku nunca iria conversa com o freeza perguntar suas origens e saber porque ele fazia as coisas que fazia, isso pouco importaria para o goku, o importante era usar o freeza para ter diversao lutando.
O Naruto nao apenas com o Nagato, mas sempre, sempre em todas as lutas foi saber das motivaçoes dos viloes e em muitos casos ele foi convencido (nao é que ele naruto convenceu o inimigo, ele, o protagonista foi convencido que o vilao podia nao ser o vilao) que seu inimigo tinha motivos para ser daquele jeito
- Zabuza e haku
- Gaara
- Sasuke
- Itachi
- Obito
- Kyuubi
- Nagato
E assim vai, voce pega um desenho como pokemon
Ash vencer o Gary, Paul, Trip e etc... o protagonista vencer a batalha, vencer a luta, PUFF acabou, ele venceu, ele é o heroi, ele esta certo.
Ja em naruto, o naruto vencer o nagato, gaara, zabuza nao quer dizer necessariamente que ele esteja certo, e, isso permitiu abrir o caminho para ele perceber que Iwa, suna, kiri, kumo que eram "INIMIGOS" nao necessariamente estavam errados, tinha suas motivaçoes, a aliança shinobi nasceu do fato do naruto ter lutado com o gaara e um ter entendido o outro, assim sendo o gaara fez seu discurso e mostrou que todos ali apesar de vilas, clãs diferentes tinham suas motivaçoes e afins.
O que torna o naruto um protagonista diferenciado é o Discurso no Jutsu
Yu Gi nunca vai convencer Kaiba a mudar
Goku esta cagando pro passado do freeza
Luffy ta pouco se fudendo pras motivaçoes do barba negra
E etc...
Isso para mim gerou toda essa leva de animes com protagonistas full empatia como: Boku no Hero, Black clover, Jujutsu, Boruto e etc... esses 4 animes tentam emular o que o naruto era como protagonistas mas falham miseravelmente