Na verdade, nem dominar o modo sábio por conta própria ele domina.
Ele domina, o problema do Jiraiya estava em manter o Modo por tempo suficiente, o mesmo problema foi encontrado por Naruto na saga Pain, vimos que ele também seria usuário de fusão justamente porque 5 minutos ainda são muito pouco tempo (Jiraiya provavelmente consegue ficar solo em um tempo parecido)
A fusão é algo extremamente apelão é só traz benefícios ao Jiraiya, o único motivo de Naruto não ter usado, é que a Kyuubi estava rejeitando;