Esses "genjutsus normais" ao qual citam do Itachi, ja é suficiente pra ele acabar com o Kisame, pois mesmo com chakra grandioso, não quer dizer que ele vai ter como quebrar o Genjutsu de Itachi, fora que ele não tem nada de especial pra isso.
O problema é que "ilusões normais" são mais pra abrir a guarda do Kisame, porque não são o suficiente pra acabar com ele, veja que o Kisame mesmo desmaiado saiu do Gen do Aoba ( Tá certo que ele mordeu a língua, mas mesmo assim foi capaz de resistir ao Genjutsu em condições desfavoráveis, e Kisame é um Ninja bem resistente, apesar de tudo ).
Fora que mesmo que Kisame apele pra Cupula, ele em algum momento vai atacar o Itachi, e sera que o Itachi não pode usar Tsukyome?
Num dá velho, Kisame dentro da Cúpula é sensitivo, fora que, a enorme quantidade de água atrapalha a visão do alvo, logo, ele atrapalha o uso de Doujutsus que exigem contato visual, igual o Tsukuyomi, se não tivesse essa exigência, Tsukuyomi seria válido, mas como não é...
Fora que se Kisame usar Cupula, Susano+Espada de Totsuka pode sim se de grande ajuda, pois a precisão que o Itachi usa essa arma e grande, e fora que o Kisame não vai estar invulneravel ao Tsukyome(como disse anterioremente).
Susano não tem muita mobilidade, e dentro daquela prisão de água, ele fica mais inútil ainda, e Kisamehada é bem rápido, a Totsuka jamais o pegaria dentro da Cúpula, fora que, Susano só fica ativo por um curto período, e Kisame pode ficar com a Cúpula formada pelo tempo que bem entender, seria apenas ele manter a distância devida e esperar o Susano se desativar, e sem isso, Itachi não tem mais defesa dentro da Cúpula, e PIOR, estaria fadigado e sem Chackra, e ficaria a mercê do Kisame.