Dante, o objetivo do Sasuke realmente é criar um novo sistema, mas não é do mesmo jeito que o Madara, senão ele não teria falado tudo aquilo no capítulo 627.
O Sasuke não está fazendo nenhum teatro, tudo o que ele falou foi sincero. Ele disse que decidiu proteger a vila, só que o conceito de "proteger" dele é diferente do Naruto. Sasuke quer proteger a todos eliminando o "mal" (bijuus) em vez de criar condições para que todos convivam em harmonia entre si e com os bijuus, que é o que o Naruto quer fazer. Naruto sabe que os bijuus são seres com consciência não-malignos, eles não têm culpa de existir, que os humanos é que os utilizam para o mal, que o melhor caminho não é eliminá-los e sim ensinar aos humanos a respeitá-los como seres e não utilizá-los como armas.
Fazendo um paralelo: Três pais querem proteger seus respectivos filhos. Um (Sasuke) faz isso confinando seu filho em uma ilha isolado do mundo sem possibilidade de contato com o mal (p. ex. armas, drogas, dst, más companias, etc.). O outro (Naruto) faz isso ensinando ao seu filho sobre tudo de ruim que existe e como ele deve proceder, criando um filho com consciência e discernimento, capaz de conviver com o "mal" sem ser engulido por ele e ainda semeando o bem. Já o Madara seria um pai que quer hipnotizar seu filho para que ele seja como o anterior, à força, sem consciência, usando violência se desobedecer.
O Sasuke não está mudando de lado, ele tinha esta intenção desde o início, só não estava claro para nós (leitores) nem para os hokages. Ele com certeza está com uma percepção distorcida de justiça, por isso ele representa um vilão, mas não vai se aliar ao Madara porque já disse que não está de acordo com as idéias do mesmo. O Itachi disse que deixaria o Sasuke para o Naruto, então cabe ao Uzumaki fazer o Sasuke entender o verdadeiro sentido de justiça e paz, nem que para isso tenha que dar umas porradas nele.