@Black-kunPelo que eu entendi.
Cena no mangá:O Naruto lança o primeiro Rasenshuriken.
O Tendo repele e conta 5 segundos.
O segundo Rasenshuriken vem logo atrás, o Pain desvia e o jutsu termina sua trajetória no 4.
E quando tem a contagem de 3, alguns quadrinhos depois o Pain aparece desenhado com os pés no chão, mas isso não quer dizer que ele ainda estava no ar no 3 (2 segundos passados).
No cálculo:Então a contagem fica mais ou menos
1 segundo do Rasenshuriken falso sendo repelido e o verdadeiro completando sua trajetória.
0,61 segundos pro Pain cair no chão (o que pode ser um pouco mais, visto que o Tendo se apoiou nos clones com dois Kokushins, mas ele usou 1/3 da velocidade de queda livre pra estimar a velocidade com que o Pain).
Supondo que o Pain pulou quando a contagem estava em "0,8" (faltando 4,2 s) e demorou os "0,6" pra cair, o resultado ainda são 1,4 segundos. Bem próximo dos 2 segundos contados pelo Pain.