O mangá explica claramente o que aconteceu, as lacunas que ficam são para os fãs teorizarem e porque o Kishimoto possivelmente já tinham uma sequencia em mente ou não tinha certeza que terminaria o mangá. Indo a ordem dos fatos expostos pelo mangá:
1. Kaguya comeu o fruto e era apenas muito poderosa, usando esse poder para controlar a humanidade, Hagoromo e Hamura nasceram com parte do poder da fruta. Isso é explicado tanto por Madara quanto pelo Hagoromo.
2. Kaguya estava prendendo os humanos na Shinju, provavelmente por isso eles começaram a temer ela. Em algum momento os irmãos descobriram que Kaguya era uma ditadora e ela se voltou contra eles, supostamente porque queria a parte do poder que foi passa para eles de volta. Isso é dito por ambos Hagoromo e Zetsu.
3. Durante a luta a Kaguya se fundiu com a Shinju, da mesma forma que o Madara fez, e se transformou no Juubi. Hagoromo teorizava que o Juubi era a Shinju transformada, mas Zetsu Negro explica que na verdade era uma fusão da Kaguya com a Shinju. Isso está nessa passagem que a Bitter trouxe, isso é o Zetsu Negro re-contextualizando uma explicação do Hagoromo sobre a natureza do Juubi.
Isso sofreu Retcon em Boruto, onde eles colocaram o Juubi como a semente da Shinju ou algo do gênero, não importa, Boruto é filler.
4. Hagoromo e Hamaura durante a luta conseguiram selar o Juubi, que eles acreditavam ser a Shinju, dentro do corpo do primeiro e assim ele se tornou o primeiro Jinchuriki. As pessoas tendem a confundir e achar que Hagoromo e Hamura selaram o Juubi na Lua aqui, por causa do paralelo com a cena do Sasuke e do Naruto selando ela, mas isso é impossível porque Hagoromo é quem tem as duas marcas (do Sol e da Lua):
Hagomoro realizou a técnica sozinho, as marcas de Naruto e Sasuke eram apenas para estabelecer uma conexão com as dele. Provavelmente ele mesmo criou a técnica.
5. Nessa parte que as coisas ficam confusas por uma questão de passagem de tempo e má contextualização por parte do Kishimoto. Não sabemos nada sobre o que Hagoromo e Hamura ficaram fazendo nesse meio tempo, só que Hagoromo deve dois filhos e criou o Ninshu.
Isso leva os leitores a acharem que Hamura foi imediatamente para a Lua após a luta. Quando na verdade, até o semi-canonico The Last deixa claro que ele já tinha uma extensa família quando fez isso e até deixou parte dela na Terra (os Hyuga).
As coisas se mantiveram assim até que Hagomoro chegasse ao fim de sua vida, nesse momento para impedir que o Juubi se libertasse após a sua morte ele selou o mesmo na Lua, nesse momento isso aconteceu:
O chakra do Juubi se separou do corpo, a casca que o Madara chamou de Gedou Mazou, provavelmente em uma tentativa da Kaguya de se libertar, nesse processo só a casca foi selada e o chakra permaneceu na Terra.
O Hagoromo pegou esse chakra e dividiu em nove partes, assim surgiram as Bijuu. Provavelmente já esperando que alguém fosse tentar ressuscitar a Kaguya já que seu seu irmão Hamura foi para a Lua guardar a casca.
