@Orochilherme o Sasuke Hebi é um Uchiha totalmente fora da curva, além de ser a reencarnação de Indra, ele era filho do chefe do Clã, aprendeu uma das técnicas mais perigosas do mundo com o Kakashi, foi treinado por um Sannin e teve o corpo modificado pelo mesmo. Além do fato mais importante, ele era um gênio obcecado com ganhar poder.
Muitos erros nessas considerações, o Clã Uchiha com certeza absoluta não tinha milhares de membros, devia ter algumas centenas. O exército somado de todas as vilas tinham algumas dezenas de milhares de membros, imagine um clã sozinho ter uma fração disso. Além disso, não eram todos guerreiros, uma minoria era.
Provavelmente haviam algumas dezenas de Uchiha aptos a lutar, vemos que os outros Clãs também tem em média algumas dezenas de combatentes. No caso dos Uchiha nem todos tinham um Sharingan com 3 tomoes, o próprio Obito chegou ao nível Chunin sem sequer ter um Sharingan.
A maioria dos combatentes Uchiha, provavelmente os mais experientes e habilidosos, deviam está na delegacia e foram mortos pelo Obito (agora não me lembro se isso é cânone ou filler). Tanto Itachi quanto Obito com certeza não devem ter enfrentado todos os oponentes de uma vez, até porque os dois são claramente combatentes furtivos. Porém, não tem muito o que discutir, vimos o Itachi humilhando 3 Jounin Uchiha com facilidade, sem sequer ativar o Sharingan, o Jounin Uchiha médio estava muito abaixo do nível dele.
A força de uma organização, como um Clã, está no fato de que eles podem lutar de forma coordenada, Itachi provavelmente foi caçando e matando os Uchiha individualmente ou em pequenos grupos, o Clã não pode mostrar sua força contra ele. Porém, ele era forte o bastante para ser considerado uma ameaça existencial para a Folha, uma das vilas ocultas mais fortes.