Vamos fazer uma lista de habilidades de cada personagem:
Hinata:
Byakugan
Punho suave
Leões ou dragões gêmeos tanto faz
possivelmente aquele vento que o neji tem.
Kidomaru:
Aranhas nojentas
Uma aranha grande HIPER JMEGA REVOLUTION nojenta
Flechas feitas de teias com uma base de chakra controladas por linhas
Teias de chakra.
Selo amaldiçoado level 2.
Você mesmo já se da a resposta para essa comparação, o punho gentil e os leões gêmeos são irrelevantes diante do Kidomaru, ele se utiliza de uma armadura dourada criada pelo corpo dele que o torna imune a esse tipo de ataque, protegendo seus pontos de chakra, logo essas duas técnicas da Hinata já eram, a única arma que ela tem aqui para lutar é a palma de ar dos Hyuuga, que SEM O CHAKRA DA KURAMA, é claramente inferior ao do Neji e ao do Hiashi.
Ela jamais chegaria perto de vencer, o Neji precisou da sua habilidade de liberar chakra pelo corpo para se livrar das teias quando foi completamente preso, Hinata não tem esse tipo de poder, ela só libera chakra pelas mãos, o que torna ela uma presa fácil para o ataque massivo de teias que Kidomaru atira pela boca.
Hinata não tem nem os 64 golpes no mangá pelo que lembro, Neji precisou dos 128 golpes MAIS O KAITEN, outra coisa que ela não tem, para conseguir parar o ataque das aranhas, Hinata rodaria nisso também.
Neji era o maior gênio Hyuuga reconhecido, sabia do seu ponto fraco melhor do que ninguém, e mesmo assim acabou todo furado, e só venceu porque Kidomaru o subestimou a luta inteira, Hinata não tem meios de parar nada utilizado pelo Kidomaru, nem Neji conseguia, a Palma de ar não pode ser usada de forma seguida, ela não tem como se livrar de nada usando isso, vai se livrar de uma parte e ser pega pela outra.
Kidomaru é mais forte, tem mais chakra, é muito mais ninja, e já mostrou que pode acabar com um Hyuuga.