No meu entendimento, em relação a queda do Susanoo e o uso de ninjutsus/genjutsus, a explicação é simples. Quando você é pego em um genjutsu sua rede chakra "entra em pane". O Mugen Onsa então, pelo menos naquele momento, dificultou o controle de chakra dos Uchiha o suficiente para que eles não sustentassem o Susanoo.
O Sharingan, no entanto, ainda consegue resistir a genjutsus a ponto de ao menos minimizar seus efeitos, o necessário para que os irmãos ainda vissem o campo de batalha e um ao outro e não ficarem presos ao plano mental. O uso de genjutsu pode ter sido extremamente situacional já que os Sharingan de ambos estavam aptos a estabelecer contato visual. Se Sasuke e Itachi não estivessem perto um do outro, a coisa mudaria de figura.
Aqui já entramos no campo das hipóteses, pois usar genjutsu requer minucioso controle de chakra, então podemos supor que:
(i) O Sharingan (MS/FMS), apesar de não ter efeito imediato no contra-genjutsu contra genjutsus mais poderosos, permitiria a retomada progressiva de consciência e que hora ou outra os Uchiha conseguiriam quebrar, mas não em tempo hábil para não se tornarem presas fáceis para o ataque adversário ou;
(ii) O Sharingan é a arma que automatiza todo o processo de aplicação de genjutsu a ponto de que, mesmo com controle de chakra avariado, ele ainda é capaz de aplicar genjutsu.Eu aposto na segunda, isso pq Uchihas conseguem usar genjutsu e contra-genjutsu sem uso de selos de mão e, neste último caso, sem precisar bater a palma das mãos para executar o Kai
[1]. Sasuke e Itachi basicamente fizeram um com o outro o que Sakura e Chiyo fizeram com Naruto ou o que Ōnoki fez com Ay, só que sem contato corporal.
Na moral, o Sharingan é a arma mais quebrada do verso.
O que countera Gamarinshō?
1. Distorção do meio de propagação do genjutsu (como Temari fez);
2. Corre, piá.